O Conselho é um Órgão Deliberativo na formulação e execução da Política Municipal de Saúde. Inclusive nos aspectos econômicos e Financeiros, nas estratégias e na promoção e controle social. O funcionamento do CMS prevê reuniões plenárias mensais e extraordinárias, comissão executiva, comissões permanentes e temáticas. Sua composição é sempre paritária.